吴敦义就任国民党主席以来，其两岸立场引发种种猜测。日前他公开提到“宪法增修条文”中“最终目的是国家统一为原则”，罕见对“统一”表态。有台媒称，吴敦义因为“本土蓝”身份，一直被指对两岸统一缺乏热情，现在的论述除了向对岸喊话外，也是力图撇清“独台”及“华独”误解。
吴敦义近期筹办“国共论坛”进度停滞，派副主席曾永权与智库副董事长林中森参加福建“海峡论坛”也遭民进党当局驳回申请。据台湾《旺报》24日报道，对于一连串国共交流受挫，吴敦义22日提到，2008年马英九执政时，国民党基本上做到“经济不断向上提升、社会安定和谐、两岸和平稳定发展”，而蔡英文执政后“两岸本来可以相互和谐、稳定发展，现在居然走到已读不回的情况”，海基会发电报给大陆海协会，“看了不给你回半个字”。接着他话锋一转，提到1992年两岸也有一段时间对峙，经过香港、北京两阶段谈判协商没有达到完全共识，后来海基会代表回台后想到，各种说法当中有一种与台方很接近，就签拟了“35个字”给正在推动增修“宪法”条文的时任领导人李登辉。吴敦义称，这个“使两岸和平稳定发展的35字箴言”，原文是“两岸都坚持一个中国的原则，但是对于它的涵义，双方同意用口头声明方式各自表述”。他解释称，“宪法”增修条文里，“在国家统一前，台澎金马称为自由地区，其他称为大陆地区，当时全面改选立法委员，只能在自由地区改选，不能在北京、天津改选”，同时“当时增修宪法条文订下，国家最终的目的是要以统一为原则”。
去年8月吴敦义接任国民党主席后，与前主席马英九和洪秀柱的两岸路线是否有差异，引发支持者与大陆的关切。去年12月他出席活动时，一名与会者在台下激动高喊“和平统一”，结果被吴敦义随从和主办单位劝阻。吴敦义在台上称，“什么时候和平统一，你不要提这个事”。会后他又表示，和平统一就跟以前讲“三民主义统一中国”一样，只要现在两岸和平稳定发展，未来可能性就无限宽广，不必在这个时候讲和平统一。英国《金融时报》曾刊登“国民党放弃亲中立场”一文，国民党中央特别澄清，国民党的两岸政策仍是“九二共识、一中各表”，坚定反对“台独”，并未改变或有所调整。如今吴敦义罕见以引述“宪法”的方式对“统一”清楚表态，跟过去模糊带过截然不同，是否意味着国民党正检讨修正两岸论述，引发两岸的不同解读。
《中国时报》24日援引北京联合大学两岸研究所所长朱松岭的话称，“政治陈述”和“政治决断”是两个不同概念，“政治决断”是指国民党把“国家统一”写入党纲，党主席依照执行;而吴敦义的说法是一种“政治陈述”，是他个人对“宪法增修条文”的理解，说明他对当前两岸关系的一种态度。至于有人认为吴敦义这番表态等于“正式向台独宣战”，朱松岭认为，这样的解读似乎有些过头，因为不管是马英九还是陈水扁、蔡英文，是否支持两岸统一或独立，都必须依照“宪法”和“两岸人民关系条例”处理两岸事务。
有岛内学者则认为，吴敦义个性谨慎，这种说法至少象征国民党在检讨目前的两岸论述，“他在发出试探球”。中国文化大学政治系主任杨泰顺称，吴的论述是一个正确方向，“这个信号不应该被疏忽”。他认为，以吴敦义政坛老手的身份，如没有一套完整说法，不会放出这样的信息，毕竟他不是容易失言的政治人物。杨泰顺称，国民党在2014年和2016年败选，当时被指责的诸多理由之一就是马英九“不统、不独、不武”，被不少支持者认为不够明确。吴敦义的谈话是借由提到过去时空背景，带出调整论述立场的可能，“他应该是经过评估当前两岸形势后才决定讲这个话，希望国民党持续扮演两岸和缓的角色”。中国文化大学陆研所所长庞建国认为，吴敦义在两岸论述上一直比较保守，难免让有些人产生误解。不过，即便吴敦义和马英九都讲“九二共识、一中各表”，但在一些人听来感觉也有差异，因为吴“本土蓝”的身份，而他当前的论述是对两岸关系做出更积极的表述方式，不但向大陆表达立场，也试图化解那些说他“独台”或“华独”的攻击。
